根据节水办工作运行需要现内设11个科室：综合办、党总支办公室、人事科、财务科、水资源科、节水科、计划科、计量征收科、水政监察一大队、水政监察二大队、水政监察三大队。
综合办：
负责文电、会务、机要、档案等机关日常工作；承担信息、宣传、保密、保卫、信访、综治、维稳工作。
党总支办公室：
负责党员管理，支部建设，文明单位创建，党风廉政建设等日常工作。
人事科：
负责单位的人事管理、机构编制、劳动工资、人事档案、教育培训工作；负责单位职工队伍建设工作；负责离退休干部工作；负责工会计生工作。
财务科：
负责单位年度收支计划及预决算的编制和执行；负责原始凭证的审核、收费票据传递及编制财务会计报表；负责单位国有资产监管、会计事务管理及内部审计工作。
计划管理科：
负责计划用水单位的年度计划下达；负责计划用水单位用水项目的核查、用水计划的变更工作。
节水管理科：
负责节水型企业（单位）、社区的创建工作;负责节水新工艺、新技术及节水器具的推广应用和节水宣传工作;负责指导全市用水单位完善节水措施，强化节水管理，节水经验交流工作;负责对大节大超用水单位用水情况的调查工作。
水资源管理科：
负责地下水动态监测工作及地下水取样水质检测分析工作；负责监测资料整理分析及年度地下水动态报告编制工作；根据《水法》等法律、法规规定和上级机关授权，负责取水许可相关工作，合理开发利用和保护水资源。
水政监察一大队：
负责对南阳市中心城区水资源开发利用的监督管理、水法宣传；负责对新建、扩建、改建建设项目的节水措施方案、节水设施的监督管理；负责水事案件查处、调解水事纠纷工作。
水政二大队：
负责依法对河南油田及官庄工区水资源开发利用监督管理、水法宣传;负责对新建、改建、扩建建设项目的节水措施方案、节水设施的监督管理，负责管辖范围内节水型单位（社区）、企业的创建工作；负责管辖范围内取水单位的计量抄表、水资源费征收及稽查工作；负责管辖范围内水事案件查处，调解水事纠纷工作。
水政监察三大队：
负责南阳新区、鸭河工区水资源开发利用的监督管理、水法宣传; 负责对新建、扩建、改建建设项目的节水措施方案、节水设施的监督管理。负责管辖范围内节水型单位（社区）、企业的创建工作；负责管辖范围内取水单位的计量抄表、水资源费征收及稽查工作；负责管辖范围内水事案件查处，调解水事纠纷工作。
计量征收科：
依法负责对计量设施进行管理，每月督查两次，做到计量设施运行正常率达到百分之百，负责水资源费和超计划用水加价水费的征收工作；